Le site du projet conserve sa forte vocation agricole naturelle. La fertilité de la terre est une richesse à conserver et valoriser. Le projet vise donc à réduire au minimum l’occupation du sol. Le tracé de la nouvelle ligne ferroviaire AV (ligne à grande vitesse) coupe le territoire en deux zones bien distinctes. La communication entre ces deux zones se limite à des tunnels existants particulièrement contraignants. Le corps principal de la gare et des parkings s’implante dans la zone sud-ouest, suite à la présence, dans la même zone, de la gare prévue pour la ligne Circumvesuviana. De plus cette orientation permet de bénéficier d’une meilleure exposition au soleil et d’une vue sur le Vésuve.

La concentration du corps principal de la gare sur un seul versant du chemin de fer signifie également la concentration des flux des parkings et de la Circumvesuviana vers les guichets à travers les zones commerciales, sans disperser les flux d’utilisateurs. La décision de concentrer le corps principal de la gare sur un seul versant génère une hiérarchie claire des espaces environnants en créant une zone avant, dédiée aux flux des voyageurs, et une zone arrière, dédiée aux services, fournitures et accès techniques. La couverture du hall principal présente une section parabolique constante, ce qui permet une grande liberté dans la détermination de l’extension de la gare selon les différentes phases. La forme et l’organisation des parkings P&R (Park and Ride) découlent aussi du développement du projet en trois, voire quatre, phases. 
PHASE 1: horizon 2015.
La première phase comprend la réalisation des deux tunnels en dessous de la ligne AV, de la couverture parabolique de la gare jusqu’au second tunnel, du premier bâtiment cylindrique de parking P&R et de la couverture des quais de la ligne AV et du quai nord de la ligne Circumvesuviana.

PHASE 2 : horizon 2020.
La seconde phase comprend principalement l’achèvement de toute la couverture parabolique de la gare, la construction du second bâtiment cylindrique de parking P&R et d’un autre parking extérieur de plan circulaire, sur le plan du futur troisième bâtiment cylindrique.

PHASE 3 : horizon 2030.
La troisième phase comprend la réalisation des surfaces fonctionnelles demandées à l’intérieur de l’espace de la gare et la réalisation du troisième bâtiment cylindrique de parking P&R.

PHASE 4
La quatrième phase, optionnelle, comporte l’extension du corps principal de la gare au-delà de la ligne Circumvesuviana, dans l’hypothèse où cette ligne serait doublée et qu’il serait nécessaire de couvrir un nouveau quai au sud de la ligne. Cette extension est déjà possible dès la phase 1 et n’est pas nécessairement liée au développement des phases 2 et 3.