Le projet consiste en la réorganisation des fonctions et des circulations de ce bâtiment classé : nouveaux ascenseurs, sorties de secours, accès handicapés… Le programme prévoyait la modification de studios d'enregistrement en salles de concert, la rénovation des bureaux, loges, sanitaires, implantation de commerces au rez-de-chaussée et d'une taverne. Le bâtiment est mis en conformité avec les normes de sécurité actuelles (incendie, contrôle d'accès, ventilation, électricité...). Un désamiantage complet a été effectué.

Au sous-sol, outre le studio 1 avec ses loges, zones de services et de stockage, se trouvent une cafétéria pour les artistes, les vestiaires et sanitaires des studios 1, 2 et 3, les réserves des commerces, la cuisine de la taverne et la majorité des espaces techniques.

Les studios sont rénovés en concertation avec les Monuments et Sites. Ils sont modifiés en salles de concert en conformité avec toutes les règlementations en vigueur, y compris l'accès aux moins-valides, et les nouvelles techniques de spectacle. Les accès, foyers, sanitaires, vestiaires, loges des artistes, zones de stockage, accès de matériel, etc. sont réexaminés en détail. Les studios en croix, permettant de mélanger quatre "espaces sons" entre eux, sont remis en activité.

Des bureaux à intérêt culturel se développent aux étages le long des façades alors que les espaces secondaires des studios (loges, stockages, régies...) sont placés à l'arrière de l'atrium Flagey. Une extension de bureaux est prévue au-dessus de l'aire de déchargement située rue du Belvédère et prolonge la façade existante sur la même hauteur et jusqu'au mitoyen.